Sin embargo, en el torneo de liga, el equipo no lograría levantar y culminaría el mismo como doceavo general con 23 puntos. Para el Clausura 2015 peleó la calificación hasta la última jornada, donde una derrota por 0-2 ante la U. de G. y un empate de Santos ante Puebla (2-2) lo dejó en la orilla como noveno general, eliminado por diferencia de goles, con 25 puntos. En mayo de 2013, Cruz Azul avanzó a la final de liga, tras eliminar a Monarcas Morelia en cuartos (4-3 global) y Santos Laguna en semifinales (5-1 global), teniendo que enfrentar al América por el título.