Los orígenes del equipo se remontan hasta la década de los años 1920, pero empezó a ser llamado como Los Millonarios en el año de 1939 cuando su nombre era el Club Deportivo Municipal. Oficialmente fue fundado el 18 de junio de 1946 bajo el nombre de Club Deportivo Los Millonarios y posteriormente como Millonarios Fútbol Club el 20 de abril de 2011 cuando fue reconstituido como Sociedad Anónima. Sin embargo, debido a la incomoda situación que tiene el equipo en la tabla de posiciones en el momento de su compra (puesto 19 de la Premier, en zona de descenso directo a Segunda División), su prioridad en esta temporada será salvarlo del descenso.